Sasaran penyelenggaraan pendidikan Program Magister di PS PBT sesuai dengan misi yang ingin dicapai yaitu:

1. Magister yang kompeten dalam bidang Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman yang menguasai IPTEK dalam pengelolaan dan perakitan keragaman genetik untuk mengembangkan varietas unggul baru tanaman secara konvensional dan non-konvensional.
2. Kurikulum pendidikan magister di bidang Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman yang dapat menjadi acuan bagi program sejenis di dalam dan luar negeri.
3. Varietas unggul dan IPTEK di bidang pemuliaan dan bioteknologi tanaman yang secara dinamis mampu mendukung kebutuhan dan perkembangan masyarakat serta lingkungan.
4. Terdiseminasinya varietas unggul dan IPTEK di bidang pemuliaan dan bioteknologi tanaman dalam rangka mendukung kedaulatan dan keamanan pangan serta bioenergi.