Sasaran penyelenggaraan pendidikan Program Magister di PS PBT sesuai dengan misi yang ingin dicapai yaitu:
- Magister yang kompeten dalam bidang Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman yang menguasai IPTEK dalam pengelolaan dan perakitan keragaman genetik untuk mengembangkan varietas unggul baru tanaman secara konvensional dan non-konvensional.
- Kurikulum pendidikan magister di bidang Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman yang dapat menjadi acuan bagi program sejenis di dalam dan luar negeri.
- Varietas unggul dan IPTEK di bidang pemuliaan dan bioteknologi tanaman yang secara dinamis mampu mendukung kebutuhan dan perkembangan masyarakat serta lingkungan.
- Terdiseminasinya varietas unggul dan IPTEK di bidang pemuliaan dan bioteknologi tanaman dalam rangka mendukung kedaulatan dan keamanan pangan serta bioenergi.
