Workshop Pengenalan Portable Sequencing Nanopore di Kalimantan Selatan, Kerjasama IPB, Universitas Lambung Mangkurat, dan Kebun Raya Banua.

Pada tangggal 24 September 2022, Program Studi Biologi Fakultas MIPA Universitas Lambung Mangkurat mengadakan pelatihan pengenalan portable sequencing Nanopore yang bekerjasama dengan Dept. Agronomi dan Hortikultura Faperta IPB, Program Studi Agronomi Faperta ULM, dan Kebun Raya Banua. Peserta yang hadir berasal dari mahasiswa, dosen dan peneliti lingkungan universitas dan Lembaga penelitian di Kalimantan Selatan.

Workshop ini merupakan bagian dari program riset keilmuan KEMENDIKBUDRISTEK dan LPDP 2021 yang diketuai oleh Dr. Deden Derajat Matra dari Dept AGH IPB serta anggota Dr. Gunawan dari PS Biologi ULM dan Prof Fitmawati dari PS Biologi Unversitas Riau. Program ini juga menjadi wadah mahasiswa dalam kegiatan merdeka belajar kampus merdeka – MBKM yang dapat memperolah ilmu di luar kampusnya dan tentunya dengan keilmuan baru yang belum didapat di kampus asalnya.

Foto : penggunaan BentoLab sebagai alat portable untuk ekstraksi DNA; Foto : proses ekstraksi DNA oleh peserta pelatihan

Pada workshop ini, peserta dikenalkan teknik isolasi DNA dan perangkat yang digunakan untuk sequencing dengan Minion Oxford Nanopore Tech. Alat sequencing ini merupakan jenis alat sequencing generasi ketiga yang bisa digunakan di luar laboratorium karena bentuknya yang kecil sehingga mudah dibawa kemana saja. Selain itu, alat ini dapat menghasilkan data yang melimpah (big data) dan secara realtime dapat melihat hasil pada saat proses sequencing berlangsung.

Foto : Pengenalan running Portable Sequencing Nanopore

Penelitian di lapangan dengan teknologi ini sangat prospektif dalam riset keragaman biodiversitas tanaman ditengah kerusakan alam yang semakin cepat. Dengan memperoleh data secara realtime, kita bisa mengetahui jenis tanaman yang sudah diketahui dalam database DNA dunia seperti NCBI maupun kandidat dari species baru pada saat itu juga. Selain itu, penggunaan yang lebih luas dapat mengetahui keragaman hayati khususnya jenis mikroorganisme dalam lingkungan tersebut. Penggunaan alat ini tidak membutuhkan insfrastruktur lab yang canggih, serta dapat digunakan dimana saja sehinggga bisa dilakukan di hutan sekalipun.

Foto : Peserta pelatihan Pengenalan Portable Sequencing Nanopore

Dengan adanya workshop ini juga diharapkan adanya kerjasama riset yang kuat antar universitas dan Lembaga penelitian dalam meneliti keragaman hayati khususnya di daerah yang terancam kepunahan species karena kerusakan alam khususnya kerusakan hutan. Selain itu, diseminasi penelitian dengan teknologi dan bidang ilmu frontiers menjadikan kualitas penelitian yang bisa diterima di kalangan ilmiah tingkat dunia. Penelitian menggunakan alat ini telah dimulai di IPB bersama dengan tim Prof Iskandar Z Siregar sejak 2020 yang mensekuen berbagai macam jenis kayu penting dan sudah dipublikaskan di jurnal-jurnal bereputasi terindeks scopus.